En 1960, el dictador Rafael Trujillo ideó una maniobra política e hizo renunciar a su hermano de la Presidencia de la República, buscando sortear las amenazas de sanciones por parte de la Organización de Estados Americanos, OEA, a solicitud del gobierno de Venezuela. Balaguer, quien era el vicepresidente, asumió la presidencia formal. Estrechamente vigilado por el dictador, Balaguer trató de suavizar el régimen alegando luego, a su caída en forma inaudita, que del mismo "se sentía prisionero".
El posterior asesinato de Trujillo (1961) dejó a Balaguer como único poder en el país, y ante el difícil intento de desmantelar y de justificar la dictadura. Esto supuso un cambio en las formas políticas de dirección en el país, y Balaguer cambió en forma para justificarse y quedarse en el poder.
A la muerte de Trujillo su posición no era envidiable, era presionado por la derecha, por los militares por la izquierda, por la oposición, era abucheado en las calles por la ciudadanía y llamado entre otras cosas muñequito de papel
Luego de la salida de la familia Trujillo y debido a la presión que ejercía la Unión Cívica Nacional, creó el Consejo de Estado. Gobernó hasta el 16 de enero de 1962, por un golpe de Estado militar le obligó a abandonar la República Dominicana y se refugió en Nueva York.
Luego de ser desplazado del poder partió hacia el exilio, vivió en Puerto Rico y luego Estados Unidos, retornó a la Patria cuatro años después, durante la guerra de abril de 1965.
La razón de su regreso: fue el ver a su madre que estaba enferma, el permiso de entrada al país le fue otorgado, por el gobierno de reconstrucción nacional, encabezado por el general Antonio Imbert Barreras.
Tan pronto pisó suelo patrio se negó a abandonarlo, esto le permitió participar en las elecciones generales de 1966, en las cuales resultó victorioso.
1 de junio de 1966, jura como presidente constitucional de la Republica Dominicana, en acto que contó con la presencia de numerosos invitados nacionales e internacionales, entre ellos el vicepresidente de los estados unidos Sr Hubert Humphrey, durante su campaña electoral solía dirigir sus mensajes propagandísticos a la mujer dominicana y al campesinado, tratando de atar a su proyecto político personal las fracciones más conservadores de estos sectores sociales.
Durante los tres primeros meses de instalado el gobierno la asociación dominicana de derechos humanos, declaró que había recibido quejas.
Con la abstención electoral del Partido Revolucionario Dominicano (PRD), debido a la represión política y a la participación de las Fuerzas Armadas en las actividades proselitistas, el doctor Balaguer se reeligió en 1970 y 1974.
El 1 de Enero de 1971 designo al Gral. Enrique Pérez y Pérez en la jefatura de la policía nacional, varias semanas después hizo su aparición en las calles de santo Domingo un grupo autodenominado frente democrático anticomunista y antiterrorista mejor conoció como La Banda a través de la cual se encargó de implantar el terror en las calles para servir sus propios intereses.
Balaguer se consolidaba como representante de la derecha dominicana. Así, inicia un gobierno caraterizado por la entera al poder extranjero, un gobierno que contribuyó inestimablemente al estado de subdesarrollo y atraso de laRepública Dominicana. Sin embargo, a través de la visión que lideraba, incentivó la producción industrial y priorizó la construcción de infraestructura vial, presas, carreteras, entre otros.
Sus gobiernos se caracterizaron por reducir los gastos corrientes, a través de una estricta política de austeridad, para ampliar el ahorro del Estado y de esta manera crear un fondo de capital fresco para la inversión pública. Esta inversión pública estaba concentrada en su persona. Además, hace más eficiente el control fiscal en las empresas privadas.
Para las elecciones de 1970 y de 1974, con su Partido Reformista y volvió al poder hasta el 1978 cuando las circunstancias políticas mundiales habían cambiado. Para ese entonces, los EUA tenían la llamada doctrina de los Derechos Humanos como herramienta política para el mundo y el hemisferio americano. En este año 1978 perdió las elecciones frente al Partido Revolucionario Dominicano (PRD) que había postulado al liberal Antonio Guzmán Fernández.
